Formelt sett er Nord-Norges europakontor et kommunalt oppgavefellesskap. Styreledervervet har en periode på to år og går på omgang mellom fylkesrådslederne i de to nordnorske fylkene. For inneværende periode er Bjørn Inge Mo, fylkesrådsleder i Troms og Finnmark, styrets leder.

Partnerne velger en ny representant til styre hvert år og i 2022 er det Pål Vegard Storeheier fra UiT som er partnerrepresentant i styret. 

Se samarbeidsavtalen her.